Testverfahren für den BRCA-Test

Für den BRCA-Test können verschiedene Methoden angewendet werden. Neben der klassischen und etablierten Sanger-Sequenzierung bietet sich das Next-Generation-Sequencing als Methode der Wahl an.

Sanger-Sequenzierung1-3

Die Sanger-Sequenzierung ist eine weitverbreitete und etablierte Methode der DNA-Sequenzierung. Sie beruht auf einer In-vitro-Replikation des zu untersuchenden DNA-Moleküls. Voraussetzung hierfür ist die Kenntnis des Sequenzbereiches der DNA, auf der die Mutationen lokalisiert sind.

Aufgrund des einfachen Arbeitsablaufes und der Automatisierbarkeit kann diese Methode relativ einfach in jedem Labor standardisiert werden. Man spricht auch von einer direkten Sequenzierung, da die gesamte Region gescreent wird und jedes einzelne Nukleotid (DNA-Baustein) auf eine Mutation hin untersucht wird. Eine Multiplex-Analyse ist nicht möglich.

Next-Generation-Sequencing (NGS)1-9

Das NGS ist eine gegenüber der Sanger-Sequenzierung weiterentwickelte Methode, die sich durch hohe Durchsatzraten aufgrund der Möglichkeit zu massiver paralleler Sequenzierung auszeichnet. Für diese Methode ist weniger Ausgangsmaterial nötig.

Allgemein gilt: Die verwendeten Sequenziermethoden sollten einen möglichst breiten Genomabschnitt abdecken, damit auch seltene Varianten mit Einfluss auf Wirksamkeit und Verträglichkeit von Medikamenten identifiziert werden können.9

Für die Sequenzierung ist DNA von hoher Qualität erforderlich. Prozesse zu Probengewinnung und Handling sollen implementiert werden, die eine ausreichend hohe Probenqualität sicherstellen.9

Es wird empfohlen, vor dem Start einer Analyseserie einen Probelauf mit einer kleinen Menge repräsentativer Proben durchzuführen.9 Alle Schritte der DNA-Sequenzierung mittels NGS müssen mittels validierter Methoden unter strikter Qualitätskontrolle erfolgen.9

Eigenschaften der verschiedenen SequenzierungstechnikenAbb. 1: Entwicklung der Sequenzierungstechniken1

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Quellen:

1 Ellard S et al. Clinical Molecular Genetics Society 2016. Erhältlich unter: http://www.acgs.uk.com/media/1025065/acgs_sanger_sequencing_bpg_update_2.... (Letzter Zugriff: 10.07.2019).
2 Rizzo JM, Buck MJ. Cancer Prev Res 2012; 5: 887–900.
3 Mestan KK et al. J Transl Med 2011; 9: 222.
4 Walsh T et al. PNAS 2010; 107: 12629−12633.
5 Idris SF et al. Expert Rev Mol Diagn 2013; 13: 167−181.
6 Mardis ER. Annu Rev Genomics Hum Genet 2008; 9: 387–402.
7 Deans Z et al. Clinical Molecular Genetics Society 2015. Erhältlich unter: http://www.acgs.uk.com/media/983872/bpg_for_targeted_next_generation_seq.... (Letzter Zugriff: 10.07.2019).
8 Grada A, Weinbrecht K. J Invest Dermatol 2013; 133: e11.
9 Guideline on good pharmacogenomic practice. Erhältlich unter: https://www.ema.europa.eu/documents/scientific-guideline/guideline-good-.... (Letzter Zugriff: 10.07.2019).