Probengewinnung für einen BRCA-Test

Für den Keimbahntest wird qualitativ hochwertige DNA aus EDTA-Blut isoliert.
Für den Tumortest wird DNA aus formalinfixierten und in Paraffin eingebetteten Tumorproben gewonnen.

Probengewinnung für den BRCA-Test anhand BlutprobeWird der BRCA-Test anhand einer Blutprobe durchgeführt, so reichen je nach Laboranforderung 2–9 ml EDTA-Blut aus.

Probengewinnung für den BRCA-Test aus Tumorgewebe Die Probengewinnung für BRCA-Analysen an Tumorgewebe erfolgt nach den Standardprozeduren molekularpathologischer Untersuchungen.

DNA-Extraktion aus Gewebe oder Blut

DNA-Extraktion aus Gewebe oder BlutFür die Isolation von genomischer DNA aus Blut-, Speichel- oder Tumorproben werden verschiedene etablierte Methoden und Techniken eingesetzt.1
Alle umfassen das Aufschließen und die Lyse des Ausgangsmaterials, die anschließende Entfernung von Eiweißen und sonstigen Verunreinigungen und schließlich die Wiedergewinnung der DNA. Die Wahl der Methode hängt von bestimmten Faktoren ab, z. B. der Menge der benötigten DNA, geplanten weiterführenden Anwendungen sowie Zeit- und Kostenaspekten.

Probenqualität

Die Genanalyse erfordert eine hohe DNA-Qualität. Es sollten daher Standardprozesse implementiert werden, um präanalytische Variationen im folgenden Workflow zu minimieren:

Standardprozesse in der Genanalyse

Für die DNA-Extraktion aus verschiedenen Quellen zur Analyse auf Keimbahnvarianten sollten validierte Methoden verwendet werden, die eine Analyse mittels diverser PCR-Methoden und einer Sequenzierung mittels NGS und Sanger ermöglichen.
Die Qualität aller DNA-Proben sollte vor Analysebeginn üblicherweise mittels Absorption (Aufnahmefähigkeit von Licht) getestet werden.2

PCR-Methoden PCR-Methoden:

Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR – Polymerase-Chain-Reaction) ist ein künstliches Verfahren zur Vervielfältigung von DNA.

Sequenzierung Sequenzierung:

Die Sequenzierung von DNA ist das Auslesen der „Buchstaben” (Nukleotide) der DNA. Sie wird unter anderem auch zur Untersuchung genetisch bedingter Erkrankungen herangezogen.

Next-Generation-Sequencing NGS:

Next-Generation-Sequencing ist ein relativ neues, flexibles Sequenzierungsverfahren mit hohem Probenumsatz.

Sanger-Sequenzierung Sanger:

herkömmliches Sequenzierungsverfahren

X
Quellen:

1 Tan SC. J Biomed Biotechnol 2009; 574398. doi: 10.1155/2009/574398.
2 Guideline on genomic sampling and management of genomic data (ICH E18). Erhältlich unter: https://www.ema.europa.eu/en/ich-e18-guideline-genomic-sampling-management-genomic-data. (Letzter Zugriff: 10.07.2019).